Jordan chào đời tại Talbotton, Georgia, con trai của J. W. và Maude Josey Jordan, những công dân được kính trọng trong thị trấn. Từ khi còn bé, Jordan đã thấy bất bình với những bất công về kinh tế và chủng tộc mà cậu nhận thấy đang diễn ra trong cộng đồng. Với hi vọng có thể sử dụng khoa học kỹ thuật trong nông nghiệp để cải thiện cuộc sống của nông dân làm thuê, Jordan ghi danh tại Đại học Georgia và tốt nghiệp năm 1933 chuyên ngành nông nghiệp. Thế nhưng, trong những năm ở đại học, Jordan nhận ra rằng nạn nghèo đói không chỉ xuất phát từ lý do kinh tế mà còn có nguồn căn từ những vấn đề tâm linh. Niềm xác tín này dẫn đưa Jordan đến Chủng viện Thần học Baptist ở Louisville, Kentucky. Ở đây, Jordan nhận học vị Tiến sĩ môn Hi văn năm 1938. Đang khi ở chủng viện, Jordan gặp Florence Kroeger, không lâu sau đó hai người làm lễ thành hôn.